Главной задачей Департамента является обеспечение интеграционных процессов на постсоветском пространстве, реализация целей и задач, определенных Договором о Евразийском экономическом союзе.

Основными  направлениями деятельности Департамента являются

•  Развитие и углубление  интеграции  а рамках ЕАЭС, формирование единых рынков стран-участников евразийского интеграционного процесса.
•  Выработка государственной политики по вопросам  экономического сотрудничества и  развития интеграции с государствами-членами ЕАЭС  и государствами -участниками СНГ.
• Мониторинг интеграционных процессов в рамках ЕАЭС, подготовка   рекомендаций и предложений по вопросам, переданным  регулирующим  органам ЕАЭС для выработки согласованных направлений развития евразийской интеграции.

Сфера деятельности Департамента также включает в себя участие в  разработке предложений  по подготовке проектов документов и решений, принимаемых на наднациональном уровне, в рассмотрении  принципиальных вопросов деятельности ЕАЭС, включая  определение стратегий, перспектив и дополнительных сфер дальнейшего развития интеграции, в том числе с учетом мирового опыта успешного развития региональных интеграционных объединений. Также Департамент осуществляет координацию межведомственного взаимодействия  по вопросам функционирования  ЕАЭС, развития наднациональных институтов и перспективных интеграционных проектов, привлечения новых партнеров к сотрудничеству с ЕАЭС.